Năm 1183, Minamoto no Yoshinaka, đối thủ và là anh em họ của Yoritomo, đã đưa cả gia tộc Taira (trong đó có Thiên hoàng Antoku) từ kinh đô Kyoto đến Shikoku. Rất nhanh, Thiên hoàng Go-Toba đã ban chuẩn danh vị cho nhà Minamoto. Tuy nhiên, Minamoto no Yoshitsune và Minamoto no Noriyori, anh em cùng cha khác mẹ của Yoritomo đã theo phe Yoritomo, lôi Yoshinaka ra và xử tử ông ta.

Đến năm 1185, gia tộc Taira bị đánh bại hoàn toàn tại Trận Dan-no-ura. Munemori bị xử tử, trong khi các thành viên gia tộc Taira và Hoàng thất còn lại đều bị xử tử hoặc chết đuối, bao gồm cả vị Thiên hoàng nhỏ tuổi Antoku. Minamoto no Yoritomo từ đó trở thành nhà lãnh đạo đương nhiên của Nhật Bản. Chính tử và gia đình bà lúc này đã đứng về phía Yoritomo. Bà cưỡi ngựa cùng ông ta trên các chiến dịch và không bao giờ bị đánh bại trong trận chiến.[3]   [ nguồn không đáng tin cậy?Lòng trung thành mới của ông ta với gia đình vợ và việc vợ ông không thích anh rể của mình cũng như một cuộc đấu tranh tranh giành quyền lực nội bộ giữa ba anh em cuối cùng đã dẫn đến việc bắt giữ và xử tử Yoshitsune và Noriyori. Yoritomo thậm chí đã tạo ra những chức tước mới, chẳng hạn như shugo và jitou, mà Hōjō Tokimasa trước đó đã nhận được sự chấp thuận từ Pháp hoàng Go-Shirakawa ở Kyoto. Dinh thự không rời đến Kyoto, mà vẫn ở Kamakura, cách xa Hoàng cung.

Năm 1192, Yoritomo đã được Pháp hoàng Go-Shirakawa ban cho danh hiệu Tướng quân. Lúc đó, ông là người quyền lực nhất Nhật Bản và cũng trao quyền lực đó cho Chính tử. Gia tộc Hōjō cũng được ban sức mạnh đó. Cùng năm đó, Masako và Yoritomo có một đứa con trai khác, Minamoto no Sanetomo.